一、基因组测序基本方法 主要有两种全基因组测序的方法 （1）逐步克隆法：传统基因组测序策略，在高通量测序技术之前完成测序的基因组就是基于此策略。利用分子标记和遗传图谱，构建大片段克隆物理图谱，然后进行克隆序列拼接获得克隆全长测序，基于所有克隆序列机器连接关系拼接出基因组序列 使用了遗传图谱、物理图谱和BAC文库构建 >ChatGPT4.0：物理图谱和遗传图谱的区别和联系 1. 建立方法： -

一、同源Homologs 1.区分：同源、直系同源、旁系同源和异同源 - 同源(Homologs)：来源于同一祖先的相似序列称为同源序列 - 直系同源(Orthologs)：来自于不同物种的垂直家系，也就是物种形成，进化而来的基因，并典型的保留与原始基因相同的功能（随着进化分支，一个基因进入不同物种并保留了原有的功能） - 旁系同源(Paralogs)：同一物种中的来源于基因复制的基因，可能会进化

一、记分矩阵 核苷酸替换矩阵 类型 描述 效果 等价矩阵 相同核苷酸之间得1分，不同得0分 一般用于理论计算，实际使用效果差 转换-颠换矩阵 转换即嘌呤(A/G)之间替换和嘧啶(T/C)之间替换、颠换即嘌呤与嘧啶之间替换 一般转换频率高于颠换，因此转换得-1分 ，颠换得-5分 BLAST矩阵 相同得5分，不同得-4分 实践经验所得，没有理论依据，效果最好 蛋白质的替换

一级核苷酸数据库 核苷酸序列数据库：NCBI的GeneBank、EMBL的ENA、日本的DDBJ以及中国的GSA 其中GeneBank、ENA、DDBJ三者会进行信息数据共享 在 Genebank 下有三大子库 分别是 Nucleotide、GSS 和 EST Genebank 子库 描述 Nucleotide 存储大多数常规的核苷酸序列 GSS（Genome Survey S

FASTA格式 因为要便于存储生物序列信息，比如ACGT组成的DNA序列、蛋白质序列，生物信息学家们便基于 txt 文本格式定义了有一定规范的FASTA和FASTQ格式。 定义： - FASTA格式又称Pearson格式，是一种最简单的序列文件格式。最初由Pearson与Lipman一起于1988年首次提出，用于序列数据快速处理和存储。 - FASTA最后一个字母A表示联配(alignment

考法 Sanger测序技术的基本原理是什么？ 应用该技术的测序平台的初始型号是什么？最新型号是什么？目前用的最广泛的型号是什么？ 第二代测序技术有哪些？ 其原理是什么？ 不同的测序平台之间的区别是什么？ 哪一种平台是目前使用最为广泛的，其最新型号是什么？ 第二代测序技术与第一代测序技术相比有何优缺点？ 第三代测序技术有哪些？ 其原理是什么？ 不同的平台之间的区别是什么？ 哪一种平台是目